Powered by Drupal

User login

You are here

Home

Uživatelská příručka

Vratička umožňuje nejen základní práci s daty, jako je zadávání, vyhledávání a export, ale i tisk sched.

Obsah

Vyhledávání/export

Vyhledávat lze podle mnoha parametrů, rád bych upozornil to, že lze vyhledávat dle souřadnice (může být zadána i z mapy) a vzdálenosti od ní. Pro vyhledávání jsou 2 režimy. Nepřihlášený uživatel má přístup jen k základním datům s s hrubou lokalizací,

přihlášený uživatel vidí veškerá zadaná data včetně historie změn, může přidávat komentáře k jednotlivým nálezům a nebo přímo editovat jím zadaná data.

   

Výběrový formulář je téměř stejnýi pro export dat, odlišnosti jsou absentující volby pro zobrazení dat a přidání volby pro formát exportovaných dat. V současné době lze exportovat pouze CSV a Excel XML. V obou případech je použita znaková sada UTF-8. Uživatel může exportovat pouze jím zadaná data, administrátor všechna zadaná.

Zpět na obsah

Zadávání dat

U zadávání dat se nejdříve zadá lokalita

a pak na ní jednotlivé nálezy na lokalitě. U lokality jsou povinné souřadnice v souřadném systému WGS84. Tyto lze zadat ručně a nebo z mapy. Po jejich zadání se automaticky doplní nadmořská výška, kvadrant a fytochorion. U souřadnic je nutné zadávat i jejich přesnost. Je to zdůvodu, aby bylo snadné odlišit přesně změřené souřadnice od odhadnutých.

Zpět na obsah

Správa checklistu

Správcem checklistu je Milan Štech (stech na prf.jcu.cz) z Přírodovědecké fakulty Jihočeské Univerzity. Zde lze vyhledávat taxony a stáhnout si aktuální checklist. Import takto staženého checklistu je jednoduchý. Přihlásíte se do Vratičky jako administrátor, kliknete na  Import checklistu, vyberete soubor s checklistem a dáte Uložit.

Zpět na obsah

Import dat

Instalace

Tento modul je napsán v programovacím jazyce Java, proto je nutné mít nainstalovanou aktuální verzi Java Runtime Environment. Vlastní program je podepsán certifikační autoritou CAcert. Pro úspěšné spuštění programu nainstalujte jejich certifikáty do běhového prostředí Javy. Kořenový a zprostředkující certifikát uložte jako textový soubor a poté spusťte program Configure Java. Viz obrázek níže:

Otevře se konfigurační nástroj

a na záložce Security klepnete na tlačítko Manage Sertificates. Zobrazí se okno s instalovanými certifikáty.

Tlačítkem import nainstalujete stažené certifikáty do "Trusted Certificates" tak i do "Signer CA" (v souborovém dialogu zadejte, že chcete zobrazit všchny soubory).

V určitých případech je nutné nastavit proxy server:

Na záložce General klepněte na tlačítko Network Settings

Pokud je nastavený proxyserver ve webovém prohlížeči, lze použít 1. volbu -"Use browser settings", popř. ho nastavit ručně ve 2. volbě "Use proxy server". Doporučuji ruční nastavení, s volbou "Use browser settings" nemám dobré zkušenosti.

Zpět na obsah

Spuštění

Pokud prohlížeč podporuje javové applety, program se spustí automaticky a nebo po klepnutí na tlačítko Launch. Jinak jsou připraveny startovací skripty pro Windows nebo Linux. Tento startovací skript si uložte na disk a spusťte. Imporní modul vytvoří v domovské složce uživatele adresář .vratickaimport, kde je pomocná databáze (temp.mv.db, temp.trace.db), konfigurační soubor (config.xml) a log chyb (vratickaimport-error.log). Pokud program zahlásí chybu, pak zasílejte tento soubor s popisem chyby.

Import

Vlastní import probíhá v několika krocích, pro které jsou jednotlivé karty a nebo skupiny karet.

Pro načtení CSV je určena záložka "Vstupní data", přiřazení sloupců z CSV k definovaným názvům Vratičky se provádí na záložce "Mapování sloupců". Záložka "Načtená data" je určená pro kontrolu načtených dat, zda jsou hodnoty ve všech povinných polích, kontroluje se formát souřadnic a datumů. Na záložkách "Taxony", "Nálezci", "Projekty", "Zdroje", "Nejbližší sídla", "Fytochoriony", "Přesnost souřadnic", "Zdroj souřadnic" se přiřazují hodnoty z načteného souboru pro dané sloupce k již zadaným hodnotám ve Vratičce. Nové hodnoty lze zadat do Vratičky i v průběhu přiřazování. Vlastní import dat lze provést na záložce "Import dat".

Konfigurace připojení

Pokud jste za proxy serverem importní modul se nepřipojí k serveru a upozorní na to uživatele:

Po kliknutí na OK bude zobrazen formulář pro nastavení proxy serveru:

Po zadání proxy serveru zkontrolujte funkčnost tlačítkem , které otestuje spojení. V případě správně zadaných hodnot se zobrazí informace o úspěšném testu spojení:

Nyní můžete uložit nastavené hodnoty tlačítkem .

U chybně zadaných hodnot bude zobrazeno upozornění:

Login

Přihlášení je z důvodu, že importní modul není schopen komunikovat s prohlížečem, ve kterém jste přihlášeni do vratičky.

Tlačítkem lze znova nastavt proxyserver. Vlastní přihlášení probíhá po stisknutí klávesy "Enter" a nebo kliknutím na tlačítko .

Načtení CSV souboru

V horní části formuláře na záložce "Vstupní data" je sada nástrojů, kterým můžete nastavit načtení CSV souboru

- Otevře dialogové s nastavením cesty k souboru a poté načte daný soubor

- Zaškrtnutím nastavujete, že načítaný soubor má v 1. řádce názvy sloupců. Pokud je zatržítko odškrtnuté, sloupce budou pojmenovány automaticky "Sloupec 1","Sloupec 2"...

- Znovu načte soubor s aktuálně nastavenými parametry

 

 

 

Přiřazení názvu polí z importního souboru do definované datové struktury

Aby bylo jasné, jaký obsah je v kterých sloupcích, je třeby tyto sloupce přiřadit k názvům položek z Vratičky. Toto se provádí na kartě "Mapování sloupců".

V levém sloupci jsou názvy sloupců z načteného souboru, v pravém názvy položek ve Vratičce. Vlastní přiřazení provedeme tak, že kliknete na název v levém sloupci, na ekvivalentní název v pravém sloupci a kliknete na šipku doprava . Název zmizí z levého sloupce a objeví se v pravém, kde se přidá do stromové struktury . Odebrání chybně přiřazeného sloupce je jednoduché, stačí označit kliknutím název chybně přiřazeného sloupce v pravém sloupci a klepnout na šipku doleva . V případě zrušení všech přiřazení klepněte na zatočenou šipku . Povinné položky, u kterých musí být přiřazen nějaký sloupec a nebo hodnota jsou označeny červeným vykřičníkem . Může se stát, že pro nějaké pole není sloupec v načteném souboru. Tomuto sloupci lze přiřadi hodnotu tak, že jí napíšete do pole hodnota v levé dolní části formuláře. Hodnota u přiřazeného sloupce bude v apostrofech . Minimálně po přiřazení všech povinných sloupců lze data importovat do pomocné databáze tlačítkem . V případě, že po tomto kroku ukončíte importní nástroj, tak i po jeho opětovném spuštění budou již načtená data na záložce "Načtená data".

Kontrola dat

Vzhledem k tomu, že nemusí být v povinných sloupcích všude zapsané hodnoty a nebo formát souřadnic a dat nemusí být rozpoznán, lze na této záložce zkontrolovat, popř. opravit data.

načtená data

Vlastní kontrola dat se provádí tlačítkem . V případě nalezení chyb se vypíšou ve spodní části formuláře.

Chybná data lze opravit v této tabulce dvojitým poklepáním na danou buňku, zadáním nové hodnoty a potvrzením entrem. Změněný údaj se tím i uloží do tabulky. Duplicitní záznamy lze odstranit tlačítkem . Při zjišťování duplicity se bere v úvahu taxon, lokalita souřadnice, poznámka k nálezu, datum 1, datum 2 a nálezci.

Po opravě chyb je nutné znovu spustit kontrolu dat. Jestliže jsou data v pořádku, ve spodní části formuláře se objení zelený nápis

Nebyly nalezeny žádné chyby. Poté se zpřístupní tlačítko pro rozdělení dat do tabulek pro mapování hodnot .

Pro znvunačtení dat z pomocné tabulkyje určené tlačítko . V šedě podbarvených sloupcích jsou generované hodnoty při kontrole dat a nejdou editovat.

 

Namapování hodnot na hodnoty zadané ve vratičce

Slouží pro to následující karty:

Vlastní formuláře jsou si podobné, nejodlišnější je formulář pro mapování nálezců. Základní princip popíšu na mapování projektů.

V levé části je tabulka s jedinečnými jmény projektů a přiřazenými projekty z vratičky. Vlastní přiřazení probíhá tak, že si v tabulce označíte klepnutím mapovaný projekt, do pole se seznamem začnete psát a po 3. písmenu se otevře seznam s vyhovujícími projekty (u taxonů je to po 5. písmenu).

Buď myší a nebo kurzorovou šipkou vyberete požadovaný projekt a přiřadíte ho tlačítkem . Pokud zjistíte, že je projekt chybně přiřazený, pak to lze zrušit tlačítkem . Hromadné přiřazení lze provést tlačítkem . Přiřazení je provedeno dle přesné shody názvu projektu v importovaných datech a zapsaných projektech ve vratičce. Pokud nenastane tato shoda, pak se nic nepřiřadí. Zrušené všech přiřazených projektů uskutečníte tlačítkem . Veškeré změny se rovnou ukládají do pomocné tabulky, takže po ukončení importního modulu nebude práce ztracena.

U mapování taxonů je navíc funkce pro ujednocení zápisu kříženců, vypreparování "cf." z názvu taxonů a uložení do sloupce pro kvalifikátor určení . Touto funkcí se zefektivní automatické mapování taxonů.

U nejbližších sídel je přidána analýza vzdálenosti namapovaného sídla od lokalit spjatých s tímto sídlem. Výsledek této analýzy se objeví v pravé dolní části formuláře

Tato analýza je spouštěna pro každé sídlo přiřazované tlačítkem , pro všechna hromadně přiřazovaná sídla nebo poklepáním levým tlačítkem myši na namapované sídlo. Pro dohledání vzdálenosti jednotlivých lokalit od sídla jsou zapisovány tyto hodnoty do sloupce "Vzdálenost lokality od sídla" na kartě "Načtená data". Vzhledem k tomu, že se průběžně neobnovuje zobrazení dat, proto je nutné  toto provést ručně tlačítkem .

Import nálezců funguje na podobném principu, jen to koplikuje fakt, že může být více nálezců u jednoho nálezu

V horní části jsou jedinečné kombinace nálezců a k nim namapovaní nálezci z vratičky. Přiřazení probíhá ve 3 krocích. Označíte si kombinaci nálezců v horní tabulce a tlačítkem se šipkou dolů rozeberete kombinaci nálezců do spodní tabulky. Oddělovačem jmen si nastavíte znak, kterým jsou oddělená jednotlivá jména. Ve spodní tabulce se objeví jednotlivá jména. Najdete jméno v poli se seznamem z vratičky, označíte jméno ve spodní tabulce a přiřadíte je k sobě šipkou doleva . Přiřadíte i ostatní jména z kombinace nálezců a pokud máte přiřazena všechna  potřebná jména (nemusí být všechna), pak provedete přiřazení jmen k dané kombinaci nálezců šipkou nahoru . Pokud ve výběrovém seznamu není potřebné jméno, lze nového nálezce vytvořit tlačítkem . Zrušení přiřazení se provádí gumou . Pro jednotlová jména gumou pod výběrovým seznamem, pro kombinaci nálezců mezi tabulkami. Ostatní tlačítka fungují stejně jako u taxonů. Zbylé karty jsou podobné, jen na některých chybí automatické přiřazení.

Vlastní import dat

Pokud jsou namapovány všechny hodnoty (nemusí být fytochoriony), pak lze importovat data do vratičky. Lze to provést na poslední kartě Import dat.

Nejdříve tlačítkem zkontrolujeme, zda jsme neopoměli namapovat nějakou hodnotu. Zde nám bylo sděleno, že jedno sídlo není namapováno a tím pádem nelze provést import. Po namapování sídla znovu provedeme kontrolu a nyní již je aktivní tlačítko pro zahájení importu . Po vlastní importu dat ještě dojde ke kontrole počtu lokalit a nálezů, zda byly všechny importovány. Případné nesrovnalosti či chyby importu se zobrazí v levé části formuláře.

 

Zpět na obsah

REST

Příklad plné adresy REST API:

http://192.168.122.23/vraticka-os/www/service/taxon2

Tučně vyznačené parametry jsou povinné.

Test uživatelského jména a hesla

Ověření přihlašovacího jména a hesla

/service/login

Metoda: GET

Parametry: user, password

Vrací JSON s proměnnými:

  • status: boolean
  • message

Získání názvu použitého tématu

/service/theme

Metoda: GET

Vrací JSON s proměnnými:

  • theme

Uložení lokality

/service/locality

Metoda: POST

Parametry:

  • locality - řetězec, maximální délka 255 znaků
  • coordsource - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblCoordSources
  • coordaccuracy - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblCoordAccuracy
  • longitude - desetinné číslo
  • latitude - desetinné číslo
  • phytochorion - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblPhytochorion
  • namedplace - nejbližší sídlo, musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblNamedPlace
  • area - oblast, řetězec,  maximální délka 50 znaků
  • altitude - nadmořská výška, celé číslo
  • netmaparea - pole síťového mapování, řetězec, maximální délka 7 znaků
  • note - poznámka, řetězec, maximální délka 255 znaků
  • user - uživatelské jméno
  • password - uživatelské heslo

Návratové HTTP kódy, 201 (úspěšné vytvoření lokality), 401 (chybí přihlašovací jméno nebo heslo), 402 (chybí povinné parametry), 403 (chybné přihlašovací jméno nebo heslo), 406 (hodnota některého parametru není přijatelná), 417 (vytvoření lokality skončilo chybou)

Vrací JSON s proměnnými:

  • id - id vytvořené lokality

Uložení nálezu

/service/occurence

Metoda: POST

Parametry:

  • taxon - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblChecklist
  • localityid - identifikátor lokality, musí odpovídat hodnotám ve sloupci cKeyLocality tabulky vraticka_tblOccurences
  • date1 - datum ve formátu RRRR-MM-DD
  • source - literární zdroj, musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblSources
  • project - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cKeyLocality tabulky vraticka_tblProjects
  • date2 - datum ve formátu RRRR-MM-DD
  • note - poznámka, řetězec, maximální délka 255 znaků
  • herbarium - identifikační kód položky v herbáři, řetězec, maximální délka 255 znaků
  • biotope - biotop, řetězec, maximální délka 100 znaků
  • originalname - originální jméno taxonu, řetězec, maximální délka 100 znaků
  • determinationqualificator - kvalifikátor určení, např. cf., řetězec, maximální délka 10 znaků
  • abund - početnost, řetězec, maximální délka 100 znaků
  • authrev - revidoval, řetězec, maximální délka 100 znaků
  • authdet - determinoval, řetězec, maximální délka 100 znaků
  • status - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblOccurenceStatuses
  • negative - příznak negativního nálezu, hodnoty 0/1 nebo TRUE/FALSE
  • user - uživatelské jméno
  • password - uživatelské heslo

Návratové HTTP kódy, 201 (úspěšné vytvoření nálezu), 401 (chybí přihlašovací jméno nebo heslo), 402 (chybí povinné parametry), 403 (chybné přihlašovací jméno nebo heslo), 406 (hodnota některého parametru není přijatelná), 417 (vytvoření nálezu skončilo chybou)

Vrací JSON s proměnnými:

  • id - id vytvořeného nálezu

 

Uložení nálezce nálezu

Pozde přidá nálezce k danému nálezu

/service/occurencecollector

Metoda: POST

Parametry:

  • occurence - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cGUID tabulky vraticka_tblOccurences
  • collector - musí odpovídat hodnotám ve sloupci cId tabulky vraticka_tblPersons
  • user - uživatelské jméno
  • password - uživatelské heslo

Návratové HTTP kódy, 201 (úspěšné uložení nálezce), 401 (chybí přihlašovací jméno nebo heslo), 402 (chybí povinné parametry), 403 (chybné přihlašovací jméno nebo heslo), 406 (hodnota některého parametru není přijatelná), 417 (uložení nálezce skončilo chybou)

Vrací JSON s proměnnými:

  • save - true, pokud bylo uložení v pořádku

Sídla dle vzorku

/service/namedplace

Metoda:v GET

Parametr: sample, user, password

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény sídel

Nalezení sídla podle názvu

/service/namedplace2

Metoda: GET

Parametr: name, user, password

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény sídel

Fytochoriony

/service/phytochorion

Metoda: GET

Parametr: sample

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény fytochorionů

Literární zdroje

/service/source

Metoda: GET

Parametr: sample, user, password

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény zdrojů

Přispěvatelé

/service/collector

Metoda: GET

Parametr: sample, user, password

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény přispěvatelů

Projekty

/service/projekt

Metoda: GET

Parametr: sample, user, password

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény projektů

Taxony podle vzorku

/service/taxon

Metoda: GET

Parametr: sample

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény taxonů

Taxony podle jména

/service/taxon2

Metoda: GET

Parametr: name

Vrací JSON pole s identifikátory a jmény taxonů